Con la ricerca e con l'insegnamento Cannizzaro diede vita a una vera e propria "scuola di chimica romana" dalla quale uscirono scienziati di grande valore come G. Bargellini, G. Carnelutti, G. Ciamician, L. Francesconi, P. Gucci, A. Miolati, R. Nasini, V. Villavecchia.

Cannizzaro, inoltre, ha svolto una intensa attività politica e di organizzatore della istruzione pubblica e della ricerca italiane. È stato vicepresidente del Senato del Regno, membro di varie commissione della camera vitalizia, fra le quali quella delle finanze. Nel 1886 viene nominato direttore del Laboratorio chimico delle gabelle, carica che ricopre per dieci anni. Egli ha riformato radicalmente questa istituzione, suddividendola in due sezioni: una concernente i tabacchi, e l'altra le analisi merceologiche per l'applicazione delle tariffe doganali e di fabbricazione, quest'ultima prenderà il nome prenderà il nome di Laboratorio chimico delle dogane e imposte dirette. Assai avanzato in fatto di promozione della ricerca scientifica e tecnica e della istruzione pubblica e nella difesa della laicità dello Stato, era molto conservatore nei confronti delle questioni sociali.